Como regla general, se recomienda que al actualizar de una serie a otra se pase a la serie inmediatamente superior sin saltar ninguna. Por ejemplo, si actualmente se está ejecutando MySQL 3.23 y se desea actualizar a una serie más moderna, debe pasarse a MySQL 4.0 y no 4.1 o 5.0.

Los siguientes puntos conforman una lista de lo que se debería hacer al llevar a cabo una actualización:

Los ficheros de formato y datos pueden moverse entre diferentes versiones pertenecientes a la misma arquitectura en la medida que correspondan a la misma serie de MySQL. La serie actualmente en producción es la 5.0. Si se cambia el conjunto de caracteres al ejecutar MySQL, se debe emplear myisamchk -r -q --set-character-set= charset en todas las tablas MyISAM. De otro modo, los índices podrían estar incorrectamente ordenados, porque al cambiar el conjunto de caracteres también cambia la forma de ordenarlos.

Si se desea tomar precauciones al utilizar una nueva versión, siempre se puede renombrar el antiguo mysqld antes de instalar uno nuevo. Por ejemplo, si se está empleado MySQL 4.1.13 y se desea actualizar a la 5.0.10, se debe renombrar el servidor actual de mysqld a mysqld-4.1.13. Si el nuevo mysqld hace algo inesperado, simplemente se lo detiene y se reinicia con el viejo mysqld.

Si luego de una actualización se experimentan problemas con programas cliente recompilados, tal como Commands out of sync o volcados de núcleo inesperados, probablemente al compilarlos se hayan empleado ficheros de cabecera o bibliotecas antiguos. En tal caso se debería chequear la fecha de los ficheros mysql.h y libmysqlclient.a para verificar que pertenecen a la nueva distribución de MySQL. Si no es así, habrá que recompilar los programas con los nuevos ficheros de cabecera y bibliotecas.

Si ocurriesen problemas como que el nuevo servidor mysqld no se iniciara o que no fuera posible conectarse sin usar una contraseña, hay que cerciorarse de que no exista un fichero my.cnf perteneciente a la instalación anterior. Se puede verificar con la opción --print-defaults (por ejemplo, mysqld --print-defaults). Si éste imprimiera algo más que el nombre del programa, significa que se tiene un fichero my.cnf aún activo, que está afectando la operación del cliente o del servidor.

Es una buena idea recompilar y reinstalar el módulo Perl DBD::mysql cada vez que se instale un nuevo release de MySQL. Lo mismo se aplica a otras interfaces con MySQL, como la extensión mysql de PHP y el módulo MySQLdb de Python.