MySQL Installation Wizard は MSI の機能を使用してサーバーのアップグレードを自動的に行います。これにより以前のバージョンを手動でアンインストールすることなく新しいリリースをインストールできます。インストーラーは新しいバージョンをインストールする前に自動的にシャットダウンして以前のバージョンを削除します。
自動アップグレードは同じ大きな枝番と小さな枝番を持つバージョン番号でのインストールの際にのみ利用できます。たとえば、MySQL 4.1.5 から MySQL 4.1.6 には自動的にアップグレードできますが、MySQL 5.0 から MySQL 5.1 にはできません。
項2.3.14. 「Windows を使用した MySQL をアップグレードする」 を参照してください。