Si se obtiene un error como Error in accept:: Bad file descriptor o el error 9 al intentar abrir tablas o directorios, el problema podría ser que no se tienen asignados suficientes descriptores de fichero para MySQL.

En este caso, hay que intentar iniciar mysqld_safe como root con las siguientes opciones:

mysqld_safe --user=mysql --open-files-limit=2048 &