Windows で、バッファなしのディスク I/O が再び使用されるようになった。通常の I/O では、Windows XP および Windows 2000 での読み取りのパフォーマンスに支障が出ると思われる。

InnoDB テーブルの最大キー長が 500 バイトから 1,024 バイトに拡大された。

SHOW TABLE STATUS のテーブルコメントフィールドが拡大されて、外部キー定義を 16,000 文字まで出力できるようになった。

ローの挿入が実行直後にエラーで失敗した場合に、オートインクリメントカウンタがインクリメントされないようになった。

innodb_force_recovery が設定されている場合でも、テーブルを破棄または作成できるようになった。これを利用して、ロールバックまたはパージでクラッシュを引き起こすテーブルを破棄したり、テーブルインポートが失敗した後のリカバリでロールバックが暴走した場合にテーブルを破棄することができる。

バグ修正: 4.0.3 で ORDER BY primarykey DESC を使用すると、btr0pcur.c の 203 行目でアサートエラーが発生していた。

バグ修正: 高速シャットダウン（デフォルト）が、パージまたは挿入バッファのマージによって遅くなることがあった。

バグ修正: 読み取り一貫性で、可視のローが存在しないテーブルに対して大規模な SELECT を実行すると、btr0cur.c の 310 行目で長時間（600 秒より長い）のセマフォ待ちが発生する可能性があった。

バグ修正: MySQL クエリキャッシュが使用された場合に、ON DELETE CASCADE または ...SET NULL で変更が実行されてもクエリキャッシュが無効にならなかった。

バグ修正: LOCK TABLES 内でテンポラリテーブルを作成し、そのテーブルを使用すると、ha_innodb.cc でアサートエラーが発生していた。

バグ修正: innodb_flush_log_at_trx_commit を 1 に設定すると、SHOW VARIABLES でその値が1,600 万として表示されていた。