Todos os índices no InnoDB são árvores-B onde os registros de índice são armazenados na página de folhas da árvore, O tamanho padrão de uma página de índice é 16 Kb. Quando novos registros são inseridos, InnoDB tenta deixar 1 / 16 de paginas livre para futuras inserções e atualzações de registro de índices.

Se registros de índice são inseridos em ordem sequencial (ascendente ou descendente, os páginas de índices resultantes estarão cerce de 15/16 completa. Se os registros são inseridos em ordem aleatoria, então as páginas estarão de 1/2 a 15/16 completos. Se o fator de preenchimento de uma página índice ficar abaixo de 1/2, o InnoDB tentará contrair o árvore de índice para liberar a página.