Se houver inserções ou deleções aleatórias nos índices de uma tabela, os índices podem se tornar fragmentados. Com frangmentação queremos dizer que a ordem física das páginas de índice no disco não está próxima a ordem alfabética dos registros nas páginas, ou que existe muitas páginas sem uso no bloco de 64 páginas no qual os índices são alocados.

Isto pode aumentar a varredura de índices de você usar mysqldump periodicamente para se fazer uma cópiad a tabela em um arquivo texto, apagar a tabela e recarregá-la a partir do arquivo texto. Outro modo de se fazer a desfragmentação é realizar uma operação alter table 'nula' ALTER TABLE nometabela TYPE=InnoDB. Isto faz com que o MySQL reconstrua a tabela.

Se as inserções a um índice são sempre crescentes e os registros só são deletados a partir do fim, então o algoritmo do gerenciamento de espaço de arquivo do InnoDB garante que a fragmentação nos índices não ocorrerão.