Tablas MyISAM usan índices B-tree. Puede calcular el tamaño del fichero índice mediante (key_length+4)/0.67, sumado sobre todas las claves. Este es el peor caso en que todas las claves se insertan en orden ordenado y la tabla no tienen ninguna clave comprimida.

Los índices de cadenas de carácteres están comprimidos en espacio. Si la primera parte del índice es una cadena de carácteres, también tiene el prefijo comprimido. La compresión de espacio hace que el fichero índice sea menor que el peor caso si la columna de la cadena de carácteres tiene muchos espacios finales o es una columna VARCHAR que no se usa siempre con la longitud total. La compresión de prefijo se usa en claves que comienzan con una cadena de carácteres. La compresión de prefijo ayuda si hay muchas cadenas de carácteres con un prefijo idéntico.

En tablas MyISAM puede comprimir números prefijo especificando PACK_KEYS=1 cuando crea la tabla. Esto ayuda cuando tiene muchas claves enteras con un prefijo idéntico cuando los números se almacenan con el byte mayor primero.