アップグレード後に、権限テーブルを更新して新しい特権と機能を追加する。テーブルの更新は、mysql_fix_privilege_tables スクリプトを使用して行う。手順については、項2.5.6. 「権限テーブルのアップグレード」 を参照。

廃止予定のオプションを使用しないように MySQL 起動スクリプトまたはオプション設定ファイルを編集する。廃止予定のオプションについては、このセクションの後半で説明する。

mysql_convert_table_format スクリプトを使用して、旧バージョンの ISAM ファイルを MyISAM ファイルに変換する（このスクリプトは、Perl スクリプトであるため、DBI をインストールする必要がある）。特定のデータベース内のテーブルを変換するには、以下のコマンドを使用する。

shell> mysql_convert_table_format データベース名

注意: このコマンドは、データベース内のすべてのテーブルが ISAM テーブルまたは MyISAM テーブルである場合にのみ使用する。他の型のテーブルを MyISAM に変換しないようにするには、コマンドラインのデータベース名の後ろに ISAM テーブルの名前を明示的に列記する。

他に、テーブルを MyISAM に変換するための ALTER TABLE table_name TYPE=MyISAM ステートメントを各 ISAM テーブルに対して発行することもできる。

特定のテーブルのテーブル型を確認するには、以下のステートメントを使用する。

mysql> SHOW TABLE STATUS LIKE 'tbl_name';

共有ライブラリ（Perl DBD-mysql モードなど）を使用する MySQL クライアントがないことを確認する。libmysqlclient.so で使用されるデータ構造が変更されたので、そのようなクライアントがある場合は、それらのクライアントを再コンパイルする必要がある。 同じことは、Python MySQLdb モジュールなどのその他の MySQL インタフェースについても当てはまる。

MySQL 4.0 の mysql.user テーブルには多数の新しい権限がある。 See 項4.4.1. 「GRANT および REVOKE の構文」。

これらの新しい権限を機能させるためには、権限テーブルを更新する必要がある。 更新の手順については、項2.5.6. 「権限テーブルのアップグレード」 を参照。 権限テーブルを更新するまでは、すべてのユーザが SHOW DATABASES 権限、CREATE TEMPORARY TABLES 権限、および LOCK TABLES 権限を持つ。SUPER 権限と EXECUTE 権限は、PROCESS から自身の値を取得する。 REPLICATION SLAVE 権限と REPLICATION CLIENT 権限は、FILE から自身の値を取得する。

新しいユーザを作成するスクリプトがある場合は、新しい権限を使用するようにそれらのスクリプトを変更する必要がある。それらのスクリプトで GRANT コマンドを使用していない場合は、権限テーブルを直接変更する代わりに GRANT を使用するようにスクリプトを変更するよい機会である。

4.0.2 以降では、オプション --safe-show-database は廃止され、何の動作もしない。 See 項4.3.3. 「セキュリティ関連の mysqld スタートアップオプション」。

バージョン 4.0.2 で、新しいユーザに対して Access denied エラーが発生した場合は、これまでは必要のなかったいくつかの新しい権限が必要であるかどうかをチェックする。特に、新しいスレーブに対しては FILE の代わりに REPLICATION SLAVE が必要。

safe_mysqld は、mysqld_safe という名前に変更された。下位互換性のために、しばらくの間、バイナリディストリビューションには mysqld_safe へのシンボリックリンクとして safe_mysqld が含められている。

InnoDB がバイナリディストリビューションにデフォルトで組み込まれるようになった。 MySQL をソースからビルドした場合は、デフォルトで InnoDB が組み込まれる。 InnoDB が有効になっているサーバを起動する場合、InnoDB を使用せずにメモリを節約したいときは、--skip-innodb サーバ起動オプションを使用する。InnoDB を組み込まないで MySQL をコンパイルするには、--without-innodb オプションを指定して configure を実行する。

起動パラメータ myisam_max_extra_sort_file_size および myisam_max_extra_sort_file_size は、バイト単位で指定されるようになった（4.0.3 より前のバージョンではメガバイト単位で指定されていた）。

MyISAM/ISAM ファイルの外部システムロックは、デフォルトでオフに設定されるようになった。これは、--external-locking を実行してオンにすることができる（ただし、通常はオンにする必要はない）。

以下の起動変数および起動オプションの名前が変更された。

record_buffer、sort_buffer、および warnings の各起動オプションは、MySQL 4.0 でも機能するが、廃止予定である。

以下の SQL 変数の名前が変更された。

変更前の名前は、MySQL 4.0 でも機能するが、廃止予定である。

SET SQL_SLAVE_SKIP_COUNTER=# の代わりに SET GLOBAL SQL_SLAVE_SKIP_COUNTER=# を使用する必要がある。

mysqld 起動オプション --skip-locking および --enable-locking は、それぞれ、--skip-external-locking および --external-locking という名前に変更された。

SHOW MASTER STATUS は、バイナリログが有効になっていない場合は空のセットを返すようになった。

SHOW SLAVE STATUS は、スレーブが初期化されていない場合は空のセットを返すようになった。

mysqld の --temp-pool オプションはデフォルトで有効になるようになった。このオプションを使用すると、一部のオペレーティングシステム（最も顕著なのは Linux）でパフォーマンスが向上するためである。

DOUBLE カラムと FLOAT カラムは、UNSIGNED フラグを受け付けるようになった（以前は、これらのカラムでは UNSIGNED は無視されていた）。

MySQL 4.0.11 以降では、ORDER BY col_name DESC は、NULL 値を最後にする。3.23 と 4.0.11 より前の 4.0 バージョンでは、場合によって異なっていた。

SHOW INDEX のカラムは 3.23 よりも 2 つ増えている（Null と Index_type）。

CHECK、LOCALTIME、および LOCALTIMESTAMP は予約語になった。

ビットごとの演算子（|、&、<<、>>、および ~）の結果は、符号なしになった。符号付きの結果が必要なコンテキストでこれらを使用すると、問題を引き起こすことがある。 See 項6.3.5. 「キャスト関数」。

注意:整数値の減算でどちらか一方の整数値が UNSIGNED 型の場合、結果の値は符号なしになる。つまり、MySQL 4.0 にアップグレードする前に、アプリケーションをチェックして、符号なしのエンティティから値を差し引いて、負の答えを得たい場合や、整数カラムから符号なしの値を差し引く場合がないかを確認する。mysqld を起動するときに --sql-mode=NO_UNSIGNED_SUBTRACTION オプションを使用すると、この動作を無効にすることができる。 See 項6.3.5. 「キャスト関数」。

テーブルで MATCH ... AGAINST (... IN BOOLEAN MODE) を使用するには、REPAIR TABLE table_name USE_FRM でテーブルを再ビルドする必要がある。

LOCATE() と INSTR() は、いずれかの引数がバイナリ文字列である場合にケース依存となる。それ以外の場合は、ケース非依存である。

STRCMP() は、比較を実行するときに現在のキャラクタセットを使用するようになった。つまり、デフォルトの比較動作はケース非依存になった。

HEX(string) は、string で 16 進数に変換された文字を返す。数値を 16 進数に変換したい場合は、必ず、数値引数を指定して HEX() を呼び出す。

3.23 では、INSERT INTO ... SELECT は、常に IGNORE が有効になっていた。 4.0.1 では、IGNORE が指定されていない限り、MySQL はエラーが発生するとデフォルトで停止する（そして、場合によってロールバックする）。

CFLAGS=-DUSE_OLD_FUNCTIONS を指定して MySQL をコンパイルしていない限り、旧バージョンの C API 関数 mysql_drop_db()、mysql_create_db()、および mysql_connect() はサポートされなくなった。ただし、代わりに新しい 4.0 API を使用するようにクライアントプログラムを変更する方が望ましい。

MYSQL_FIELD 構造体の length および max_length は、unsigned int から unsigned long に変更された。関数の printf() クラスの引数としてこれらを使用した場合に、警告メッセージが生成されることがある以外は、この変更によって問題が発生することはない。

テーブルからすべてのレコードを削除する場合や、削除されたレコードの数のカウントを取得する必要のない場合は、TRUNCATE TABLE を使用する必要がある（4.0 では DELETE FROM table_name がレコードカウントを返し、TRUNCATE TABLE は速度が上がった）。

TRUNCATE TABLE または DROP DATABASE を実行するときに、アクティブな LOCK TABLES またはトランザクションがあると、エラーが発生する。

整数を使用して BIGINT カラムに値を格納する必要がある（MySQL 3.23 では文字列を使用していた）。引き続き文字列を使用することもできるが、整数を使用する方が効率的である。

SHOW OPEN TABLES の形式が変更された。

マルチスレッド化されたクライアントは、mysql_thread_init() および mysql_thread_end() を使用する必要がある。 See 項11.1.14. 「スレッドクライアントの作成方法」。

Perl DBD::mysql モジュールを再コンパイルする場合は、DBD-mysql バージョン 1.2218 以降を入手する必要がある。これは、1.2218 より前のバージョンの DBD モジュールでは、廃止になった mysql_drop_db() コールが使用されるためである。 バージョン 2.1022 以降が推奨される。

4.0 では、RAND(seed) は 3.23 の場合とは異なる乱数系を返す。この変更は、RAND(seed) と RAND(seed+1) をさらに明確に区別するために行われた。

IFNULL(A,B) によって返されるデフォルトの型は、A および B の型のうちで、より '総称的な' 方が設定されるようになった（総称性の度合いの高い順に並べると、文字列、REAL、INTEGER となる）。