ユーザインターフェースに Tomcat/Apache Web サーバを使用すると、管理者は、任意のセキュリティ規則を満たすように Web サーバを設定できます。MySQL Enterprise Monitor アーキテクチャは、ローカルネットワーク外のシステムを監視する場合でも、できる限りセキュリティを保つように設計されています。

MySQL Enterprise Service Agent と MySQL Enterprise Service Manager 間の通信は、Socket Layer（SSL）暗号化により保護可能です。サーバとエージェントは、SSL 証明書を使用して認証を提供し、なりすましを防止できます。

MySQL Enterprise Service Agent は Web ブラウザのように機能して、MySQL Enterprise Service Manager とのすべての通信を開始する HTTP クライアントアプリケーションです。サーバがエージェントからのアクションを要求すると、エージェントが次に通信を開始し、これに応じて要求を送信するまで、サーバは待機しなければなりません。つまり、エージェントが実行するマシンは要求をリスンしないので、受信ポートを開く必要はありません。ただし、エージェントが MySQL Enterprise Service Manager と通信するために発信ポートを開かなければなりません。

各エージェントでは、追加セキュリティ機能として、いずれかのエージェントのセキュリティが低下した場合の潜在的な障害を最小化する個別の Advisory Service ログインを利用できます。